这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，
天海护乘坐加里安在宇宙中搜索残存的佐达，但是有了意外的发现——用收集宇宙中的暗黑物质来再生三重连太阳系的parts Q Machine和执行这一行动的索鲁11游星主。在索鲁11游星主否决了宇宙和三重连太阳系共存的可能性后，护下了决心。护利用复制人和复制的加离安吸引住11游星主的主意，然后夺走parts Q machine，并把真正的加里安藏在11游星主不敢接近的G水晶里，不过复制人却被游星主俘获。J-Ark在木星决战后被the power抛到宇宙的边缘，发现了一些不对劲的可疑迹象。调查过程中，竟然遇到了被索鲁十一游星主追击的真正的小护。小护将parts Q Machine交给戒道，告诉他不能让它落入索鲁11游星主的手中。J发射ES火箭让他们逃走，自己留下应敌，不敌被俘。从ES Window中脱出的戒道坠入地球，parts Q Machine则分裂成... (展开全部)
