这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
初中的毕业典礼上，爱城恋太郎进行了人生的第100次告白，但和先前的99次一样，都被拒绝了。恋太郎在男女间的评价一直都很好，但总是无法被女孩当作恋爱对象。这天，恋太郎来到了祈求缘分的神社，在他虔诚膜拜时，神出现了。神告诉恋太郎，在升上高中后恋太郎将会遇到命运之人，并且总共有100人……。DEAD·OR·LOVE的学园新生活开幕！！
雷格西渴望未来能和哈鲁在一起，生活在肉食动物和草食动物和平共存的世界。为了这个目标，他继续走在艰难的道路上，反抗邪恶势力，并对抗自己的本能。
